Interacción entre la polimerasa NS5B del virus de la hepatitis C y dominios funcionales de ARN

Abstract

El virus de la hepatitis C (VHC) es un virus con envoltura perteneciente a la familia Flaviviridae. El dominio 3’X y el subdominio 5BSL3.2 del ARN viral están implicados en la regulación del ciclo de replicación. En otros virus de la familia Flaviviridae como Zika y Dengue, el ciclo de replicación viral está influido por interacciones entre la polimerasa viral NS5, dependiente de ARN, y dominios de ARN estructuralmente relacionados con el subdominio 5BSL3.2 del VHC. La conservación de los dominios de ARN funcionales entre especies de la familia Flaviviridae motivó el presente estudio, en el que se ha analizado la interacción entre los dominios 3’X y 5BSL3.2 y la polimerasa viral NS5B del VHC mediante ensayos de cambio de movilidad electroforética (EMSA). Los resultados preliminares sugieren una unión más fuerte para la interacción 5BSL3.2-NS5B que para 3’X-NS5B, respaldando en una primera aproximación el modelo de reconocimiento inicialmente propuesto, en el cual 3’X interactuaría lateralmente con la proteína NS5B al situarse en el canal de unión de la hebra molde mientras que el subdominio 5BSL3.2 reconocería una región altamente conservada rica en argininas situada en el dominio del pulgar de la polimerasa.

Hepatitis C virus (HCV) is an enveloped virus belonging to the family Flaviviridae. The 3'X domain and 5BSL3.2 subdomain of the viral RNA are involved in the regulation of the replication cycle. In other viruses of the Flaviviridae family such as Zika and Dengue, the viral replication cycle is influenced by interactions between the viral RNA-dependent NS5 polymerase and RNA domains structurally related to the 5BSL3.2 subdomain of HCV. The conservation of functional RNA domains among species of the Flaviviridae family motivated the present study in which the interaction between the 3'X and 5BSL3.2 domains and HCV NS5B polymerase has been analyzed by electrophoretic mobility shift assays (EMSA). Our preliminary results suggest stronger binding for the 5BSL3.2-NS5B interaction than for the 3'X-NS5B contact, supporting the initially proposed recognition model, in which 3'X would interact laterally with the NS5B protein by positioning itself in the template strand binding channel, while the 5BSL3.2 subdomain would recognize a highly conserved arginine-rich region located in the thumb domain of the polymerase.